創立年代は詳らかでないが、往古より實取大明神と称する。

享保3年（1718）の社殿建立の棟札が残る。

明治初年に境内の稲荷大明神（保食神）を合祀し、水根神社と改称した。

なお『因幡誌』は、『先代舊事本記』所載の水根神社（天水分魂神）を当社とする説を採用しており、享和3年（1803）以来、幕末まで實取大明神と水根神社の社号が併用されていた。水根部落の一部が氏子である。