上古は絶嶺に鎮座。延暦年中（782～806）鷲峰山御冠嶽に初めて社を建てたと伝わる（『因幡誌』）。

『日本三代実録』の貞観4年（862）9月の条に「授因幡国正六位上鷲峰神従五位下」、同16年5月の条に「授従五位上」と記載されている国史現在社である。

その後、文保元年（1317）に中尾崎に社を遷し、元亀元年（1570）毛利氏により社殿を復興（古宮）。併せて神宮寺を建立した。

慶長元年（1596）1月、亀井茲矩により焼き払われたが、慶長17年（1612）11月、その子政矩が現在地に社を再興した(棟札現存)。

寛永10年（1633）、藩主池田家より社領16石1斗を寄進。享保4年（1719）の神祇道管領長の位記及び副書が現存する。

近世は志加奴神社鷲峯大明神と称していたが、明治2年5月、官命により志加奴神社の称号を廃し、鷲峰神社と改めた。

同年10月、南河内の子守大明神（水分命）、春日神（天兒屋根命）、諏訪神（武御名方命）、松尾神（大山咋命）、稲荷神 （倉稲魂命）、天神（菅原道眞）を合祀。

大正5年5月、鷲峯字天王の深谷神社（もと牛頭天王素盞嗚尊倉稲魂命）、飯里の飯山神社（もと牛頭天王）、下石の國石神社（もと国石大明神）、上原の原井手上神社 （もと荒神大山祇神）を合祀した。 

『因幡誌』には、神代の昔、八千戈神（大己貴命）が天羽車大鷲に乗 り妻妾を覔め給ふ時に此の山に降り給ふ縁によって、鷲峰と名付け、命を祭る神社としたとあり、その他、大山との争い、楯山のことなどの伝承を載せている。

近世まで参道脇に40の末社が並び、遷座祭に際しては三徳山の僧侶も供奉していた。