創立年代は不明であるが、天照大神、誉田別命の二神合殿に祀り、天大明神八幡宮と称された。天大明神は三部郷（三部村は延長の頃（９２３～９３１）の村落で、日野六村の一である。外構村は三部村の内であった。）の開発と共に創立し、八幡宮は進氏（字殿の段は元弘の義臣進四郎三郎助貞の邸宅の跡とも言う。）の創建によると言われる。昔は二社が左右に相対して鎮座していた。永禄年中（１５５８～７０）毛利の部将三村家親、香川光景等が転戦の途中当社に拠り、尼子の将山中氏と戦った時、社殿が兵火により焼亡した。二神ともに小社に奉齋されていたが、後年合併して合殿に奉祀することとなった。往古より郷中の大社で三部郷（野上莊）の総氏神として、野上莊大社、或いは総社と言われた。祈晴雨臨時公祭を一社限りで執行できる特例も持っていた。野上莊とは上代、下代、郷原、池田、畑中、二部、焼杉、須鎌、上の名、藤屋、船越、福吉（外構）、福島、三部、父原、古市、荘、中祖、宇代の一九村の郷名である。近世末、二部、池田、畑中、郷原の四村は独立して、王子権現（二部神社）の氏子とされた。嘉永元年（１８４８）の裁許である。天保１４年（１８４３）５月、制札を許され、文久元年（１８６１）９月、幕・提灯に池田氏の紋章を用いることが許された。なお、天保５年（１８３４）の藩の『社寺領帳』に、「福吉村日光権現社領高五石二升四合」とあるのは当社に関する記事とも考えられる。

明治元年に村内の摂社天神（天穂日命）、八幡宮（誉田別命）、伽羅荒神（土祖命外二神）、御崎（大日孁貴命）、山神（大山祇命）、牛頭天王（素盞嗚命）を合祀して福吉社と改称。同６年福吉神社と改称した。大正５年、福吉の御児守神社（もと児守大明神と稲荷大明神　手力男命　栲幡千々姫命　玉依姫命　倉稲魂命　速玉男命）を合併。同１１年に船越の船越神社（もと牛頭天王と山ノ神と金屋子神　素盞嗚尊　大山祇命　金山彦命）、福島の福島神社（もと伽羅荒神　土祖神　奥津彦命　奥津姫命）、須鎌の山口神社（もと山ノ神　大山祇命）、池ノ平の上ノ名神社（もと王子権現　伊邪那岐神　大山祇命）、焼杉の山口神社（もと山ノ神と稲荷大明神と日御﨑大明神　大山祇命　倉稲魂命　大日孁貴尊）を合併して野上荘神社と改称した。