社地は伯耆国庁の内、東南の一角にあたる。

社殿によると上古、伯耆国国造に任命された大八木足尼が国庁を八代（社）に設置、大國主命、少名毘古那命の2柱の神を国庁の中に祀り、国庁裏神社と称した。

元明天皇2年（709）11月に国司金上元為は事務繁忙の為、国中の神社の巡拝が出来なくなり、国中の神社を一社に集めて総社として祭典を行ったと伝わる。『三代實録』 貞観15年(873)4月の条に「授伯耆国無位國廳裏神従五位下」とある国史現在社である。中古より近世に至るまで、総社あるいは伯耆国総社大明神と称された。

慶安5年（1652）の造営では、藩主より人足1,000人、材木丈木寄進、延宝5年（1677）従御公儀米15石、材木寄進、元禄15年（1702）の造営では従御公儀米15石、材木丈木50丁寄進。文政3年（1820）藩士柴野郡左衛門等が山林1段7畝8歩を寄進。

文政13年転法輪殿御家森寺長門守より祈願料として白銀20枚永世寄進。

文久元年（1861）に現本殿を建立。明治初年国庁裏神社と改称し、郷社に列せられた。

明治12年に拝殿等造営。大正2年国の村社國府神社（もと塗籠大明神　木花開耶姫命　保食神　大山祇神）、大谷の村社垂井神社（もと水井大明神　玉依姫命　天兒屋根命）、不入岡の村社清水神社（もと牛頭天王　素盞嗚命　奇稲田姫命）、和田の村社和田神社（もと八幡宮　譽田別尊）、横田の横田神社（もと国司大明神　大國主神）、福光の福光神社（もと牛頭天王　素盞嗚命　奇稲田姫命）を合併、大正4年に黒見の村社東谷神社（もと山根八幡宮　譽田別尊）を合併した。

昭和20年4月県社に昇格。現在の氏子区域は社地区の内、馬場町、寺谷、大谷茶屋、上神を除く全域。