創立年月不明。往古より牛頭天王と称し、田島の産土神である。

旧城主山名氏壽の崇敬が篤かったという。

中世に繁栄した神宮寺の旧跡に鎮座の八幡宮（誉田別尊）を合祭して、明治元年萬田社と改め、同7年萬田神社と改称した。