創立年代不詳。羽柴秀吉来征時に社殿旧記等兵火に遭い焼失したという。

昔は神領多数あり。本社地東方には祭り田と称した神事場があった。
寛永10年（1633）池田家より社領8石1斗4升4合を寄進される。

近世までは百先大明神と称していたが、明治初年に百先神社と改称した。この時、摂社松下神社、末社稲荷神社を合祀した。

又、以前は池鯉鮒とも称し、蝮除の神として崇敬されていた。

大正15年、本殿を改築。

平成2年、幣殿・拝殿を改築した。
蝮除の神として著名で、古来この里には蝮の生育を見ず、またこの神の御守りを所持する時は、蝮の災を免れることに霊験著しかったという。
最古の棟札は正徳3年（1713）、百先大明神修造のもの。