古くより甕宮大明神（亀宮大明神）と称した。

寛文年中（1661～73）、旧記等焼失し、その創立年代沿革等不明であるが、古老甕宮神社の伝に天文年中（1532～55）より社殿があって、近郷の人が崇敬したという。

現存する棟札は、寛文13年（1673）9月、新殿造営のものが最も古く、火災からの復興を伝えている。この時の造営は、氏子地内に住む邑美郡大庄屋安木家の奉納によるものであり、これより後、安木家代々が当神社を特に崇敬している。

享保5年（1720）、正一位の神階を授けられた。

祭神名は『因幡誌』にも記載されている。

明治元年（1868）、稲荷大明神（保食神）を合祀して甕宮社と改め、同6年甕宮神社と改称した。