創立年代不詳。往古より大宮荒神と称し、意上奴神社の摂社である。

宝暦6年（1756）に社殿再建。

明治元年（1868）紙子谷社と改称し、同7年3月紙子谷神社と改称した。

江戸時代より明治中期までの棟札8枚が現存する。