応神天皇16年に、因幡国野坂郷松上村高松山の頂上に勧請したと伝えられている。近世まで松上社また松上大明神あるいは松上大菩薩とも称された。

貞元元年（976）、野坂村千間之助国重長者が講を催し、比叡山の座主を招聘したところ、座主は当社を拝して其の威徳に感じ、叡山から大山咋神を奉遷して配祀し、自らも此処に住んだという。 近傍に散在する衣干岩滑石等の古跡は、 全て座主の修業場と伝わる。

寛和元年（985）、座主の師である慈慧大師が到来、あらためて大日、彌陀、観音の三仏を合祀し、三所大菩薩と称した。本地仏像は、現在は岩坪の成就院に安置されている。

延元3年（1338）4月、大鐘を鋳造する。

天文12年（1543） 8月1日、智頭郡加瀬木村より随神木像を奉納する。

また、安芸国吉川駿河守元春、 毛利右馬頭輝元両公も篤く崇敬し、年々祈願状及び武具等を奉献する。

亀井武蔵守茲矩が当地領有に際し、当社を祈願所として社殿を修復する。

鳥取藩主池田光仲も崇敬篤く、自ら願主となり高松山頂の旧社地より現在地に奉遷。広大な境内を開拓して、 本殿・拝殿・神楽殿・随神門・石鳥居等を建立し、正保元年（1644） 8月21日、遷座祭を斎行している。

明和4年（1767）、池田重寛願主となり本殿を改築する。

天明6年（1786）6月に鎮座1500年祭を斎行。近世の社領高は28石5斗であった。

明治初年に松上神社と改称。

明治5年、郷社に列格。

明治30年、春秋の大祭に池田家より神饌料として金一千匹を奉納。

昭和6年、県社に昇格した。