昭和10年、村社荒木神社に村社三島神社を合祀して、荒木神社と称していたが、昭和27年に荒木三島神社と改称した。

両社とも歴史が古く、特に三島神社（三島大明神）は九州宗像神社の三祭神を勧請 したもので、天平年間（729～749）に賀露神社から移祀されたと伝えられ、『賀露神社縁起』 にその名が見える。

承徳3年（1099）に国司平時範の参拝の記録があり（『時範記』）、この神社に通じる三嶋街道、三嶋保の形成が知られてい る。

江戸時代には三嶋の薮と称して鳥取藩の番人が置かれ、近年、元境内地から発掘された「秋里遺跡」によると、遺物は古墳前期から中世に至るまでの祭祀に関わるものと確認されている。

また、荒木神社（荒木大明神）の鎮座する秋里は、鎌倉時代の武将、秋里玄蕃守師永の居城に由来するといわれる。

元徳3年秋里玄蕃守師永の著『三嶋社並摩尼寺縁起書』が現存し、三嶋街道、三島大明神の記述がある。

明和5年（1768）の神社改修の棟札が現存する。

近年獅子舞保存会も結成され、60戸の氏子ながら4年毎に老若こぞって大祭を執り行っている。

明治中期、北海道に移住した秋里出身の伊佐田長蔵が利尻島に麒麟獅子舞を伝えており、その縁で平成13年から利尻島との地域間交流が続いている。