創建、勧請は不明である。晩稲は古くは賀露村の枝村であったが、 元禄14年（1702）に分村し、波津大明神を勧請したと伝わる。

『因幡民談記』（1671）に奥手村の氏神として、伯王大明神と記載されており、明和6年の『高草郡神社御改帳』には岩頭大明神とある。

明治元年（1868）に境内末社稲荷神（保食神）を合祀し、波津神社と改称した。

昭和10年、三嶋神社の旧本殿を譲り受け、遷座祭を執り行うと共に、旧本殿は若宮神社本殿とした。

平成23年に幣拝殿を増築したほか、石灯籠・狛犬を新調した。

江戸時代から「美保講」を結び、毎年三名宛くじ引きで代参を決めて参拝し、「籾」を拝受して稲苗とすることを今に伝承している。

古くより宇倍社の鍵を預かった村であるという伝承が伝わる。