創立年代不詳。近世まで長永大明神（長柄大明神）と称した。

最古の棟札は延宝5年（1677）のもの。近世に同村の徳丸水神（罔象女神）を合祀。

明治初年に長柄神社と改称した。

大正2年4月に吉岡神社に合祀されたが、大戦後に分祀再興した。

江戸時代、藩主が鹿野に行く道中で参拝したことや、吉岡温泉に入湯の際、度々長柄川に遊行し徳丸井戸を使用したこと、文化2年（1805）に姫様が徳丸水神に玉垣を奉納したこと等が伝えられる（当社棟札、『御由緒書上帳』『楓堂吉岡陪遊記』）。